10月，丰臣秀吉于8月死于京都伏见城的消息传至朝鲜，日军士气因而受挫，开始准备撤退。
露梁海战
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11月，日军无心恋战，由蔚山撤离，明军分道进击。加藤清正率乘船撤退。明军由陈璘提督水师，副将邓子龙、游击马文焕等皆由其统属。以战舰数百，分布忠清、全罗、庆尚各个海口。就在日军将领撤退之时，陈璘派遣邓子龙偕同朝鲜李舜臣联合出击，在露梁海上截击想援救小西行长的日军援军立花宗茂、岛津义弘、小早川秀包、宗义智、寺泽广高等部。邓子龙率三巨舰向日军进攻，并自为前锋，与日军决战。战斗时曾携壮士三百人跃入朝鲜战舰以救援，直前奋击。但其他战舰却误掷火器于邓子龙的战舰，使战舰起火，结果邓子龙战死。而李舜臣领兵来援，率龟甲船冲入敌阵，却被日军包围，结果身中流弹而亡，他死前叮嘱不许张扬，并把军旗交给其子代为发号施令，以继续战斗。随后副将陈蚕、季金等领军赶至，夹击日军，日军则因为成功让小西行长脱困而且战且退。而得以逃脱登岸的日军又为明朝所歼。这时刘綎方进攻小西行长，并夺取桥寨，陈璘以舰队一同攻击，再焚烧日军战舰百余艘。小西行长的友军岛津义弘引舰队来援，陈璘亦将其击败，结果来援日军只得扬帆退去，立花宗茂则作为殿后接应小西行长让其于日军成功撤退。
结束
12月，仍然留在朝鲜的日本残兵再次由乙山偷渡，但因为崖深而道浅，将士不敢进。结果陈璘在夜里潜入，向其连珠炮发，日军只得逃去，陈璘更领明军追击。
大明万历二十七年四月，明军班师回朝，神宗皇帝陛下升座午门，接受都督邢玠等献上的日本俘虏六十一人，都“付所司正法”，砍下来的敌人的头颅传送天下。同日，神宗皇帝接受百官朝贺，祭告郊庙，把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。次月，颁平倭诏诏告天下。
“奉天承运皇帝，诏曰：朕缵承洪绪，统理兆人，海澨山陬，皆我赤子，苟非元恶，普欲包荒。属者东夷小丑平秀吉，猥以下隶，敢发难端，窃据商封，役属诸岛。遂兴荐食之志，窥我内附之邦，伊歧对马之间，鲸鲵四起，乐浪玄菟之境，锋镝交加，君臣逋亡，人民离散，驰章告急，请兵往援。朕念朝鲜，世称恭顺，适遭困厄，岂宜坐视，若使弱者不扶，谁其怀德，强者逃罚，谁其畏威。况东方为肩臂之藩，则此贼亦门庭之寇，遏沮定乱，在予一人。于是少命偏师，第加薄伐。平壤一战，已褫骄魂，而贼负固，多端阳顺阴逆，求本伺影，故作乞怜。册使未还，凶威复扇。朕洞知狡状，独断于心。乃发郡国羽林之材，无吝金钱勇爵之赏，必尽弁服，用澄海波。仰赖天地鸿庥，宗社阴骘，神降之罚，贼殒其魁，而王师水陆并驱，正奇互用，爰分四路，并协一心，焚其刍粮，薄其巢穴。外援悉断，内计无之。于是同恶就歼，群酋宵遁，舳舻付于烈火，海水沸腾，戈甲积于高山，氛浸净扫，虽百年侨居之寇，举一旦荡涤靡遗。鸿雁来归，箕子之提封如故，熊罴振旅，汉家之德威播闻，除所获首功，封为京观，仍槛致平正秀等六十一人，弃尸稿街，传首天下，永垂凶逆之鉴戒，大泄神人之愤心。于戏，我国家仁恩浩荡，恭顺者无困不援；义武奋扬，跳梁者虽强必戳。兹用布告天下，昭示四夷，明予非得已之心，识予不敢赦之意。毋越厥志而干显罚，各守分义以享太平。凡我文武内外大小臣工，尚宜洁自爱民，奉公体国，以消萌衅，以导祯祥。更念彤力殚财，为日已久，嘉与休息，正惟此时，诸因东征加派钱粮，一切尽令所司除豁，务为存抚，勿事烦苛，咨尔多方，宜悉朕意。”
影响
明朝
根据1569年兵部侍郎谭纶的记载，明朝全国军队定额为313万8300人，而实际上是84万5000人。推测北边服役的军士为50万人，马匹10万匹，这些数据是根据黄仁宇所著《16世纪明代中国之财政与税收》中引述大明会典与皇明经世文篇所推估的。而如果到神宗时的军队数目不变的话，援助朝鲜的16万6700余人的兵力等于是动员了明朝19.72%的兵力，这个数字不可说是不大，尤其是对于一个农业国家而言。就支出的经费方面，对于明朝也是一个巨大的负担，明朝税收有一个特性是税率极低，据统计税率在5.5%~12%之间，所以一般正常情况下，政府税收是无法支应突发状况，而援助朝鲜的支出在实质上是由太仓库支应的，太仓库在1592年时有700万两，每年流入是约当209万2000两，以军费而言，一年支出平均是240万两左右，也就是援助朝鲜的支出造成了太仓库的赤字，再考虑到万历三大征发生的年代几乎都接近，这也就是为何在神宗过世后，根本上太仓库是已经完全匮乏的原因，也造成财政的紊乱。
一般认为两次支援朝鲜加速了明朝的灭亡，除了长期的远征带给国力日衰的明朝沈重负担之外，清太祖努尔哈赤也在“文禄·庆长之役”中仔细的观察了明军的作战方式，使他在日后的对明战役中zhan有了优势。
此次战争还有一个特色是，战争虽然发生在朝鲜，但作战却以明军为主体，朝鲜军作战能力极差，原因出在朝鲜严重的重文轻武。根据宣祖实录的记载，明将看朝鲜兵如同一群羊，听到炮声随及溃走。朝鲜的重文轻武严重到如果家中有两个小孩，一人念书就坐堂上，一人习武就在堂下使唤如同奴仆一样之程度。加上器械之不修，城池之不固，明将形容朝鲜城池连老弱病足都可以一跃而过，宿营则是以竹木为外逢炮火则毁。朝鲜军的无战力，也让明军不得不做为作战的主力。
朝鲜
朝鲜在战争里被日军侵略，使得人民流离失所。在战后百业萧条，农产量更大减，使得朝鲜经济在多年后仍不能恢复。
经此战争后，朝鲜受此战争影响多方重视火器的发展与训练，所以在炮手的训练上甚为卓著，可以参考李光涛先生的《记明季朝鲜之（丁卯虏祸）与（丙子虏祸）》一书，里面提到为了对明战争，清朝曾经征兵朝鲜，朝鲜所派出的炮手在松山之役重创了明军。
日本
日本的丰臣家侵朝失败，使其损兵折将，期间更造成丰臣家内部出现文治派与武功派的内部斗争。此事遭到五大老之一德川家康的利用，于1600年展开关原之战（反德川联合军+丰臣文治派对德川军+丰臣武功派），丰臣秀吉之子丰臣秀赖虽然尚年幼并无支持任何一方，但此战之故使丰臣家的威信大不如前，1615年大坂夏之阵德川家康彻底歼灭丰臣家，开始江户幕府时期。
万历朝鲜战争
日期：1592年—1593年，1597年—1598年，地点：朝鲜半岛，结果：大明、朝鲜联军胜利，日军撤退
参战方：中国明朝，朝鲜李朝，日本安土桃山时代
指挥官
中国：李如柏，麻贵，刘铤，邢玠，陈璘，邓子龙，杨万金，麻来，周道継，李洞宾，郭安民，王子和，汤文瓉，銭应太，张应元，陈観策
朝鲜：朝鲜宣祖，光海君，李舜臣，权栗，柳成龙，郭再祐，宋象贤，郑拨，申砬，金时敏，惟政，元均，李亿祺，崔湖，柳崇仁，徐礼元，倡义使，金千镒，黄世得，李宗张，尹兴信
日本：丰臣秀吉，宇喜多秀家，小早川隆景，加藤清正，小西行长，藤堂高虎，加藤嘉明，锅岛直茂，细川忠兴，石田三成，黑田长政，福岛正则，毛利辉元，宗义智，胁坂安治，九鬼嘉隆，岛津义弘，毛利秀元，立花宗茂，吉川广家，大谷吉继，上杉景胜，直江兼续，太田一吉，来岛通总
兵力
中国：第1次（1592–1593）约50,000人，第2次（1597–1598）约75,000人。
朝鲜：34,000人（战争开始时）最后：22,600人（包括民兵等）。
日本：第1次（1592–1593）约160,000人，第2次（1597–1598）约140,000人。
伤亡：大明：约30,000人，朝鲜：约300,000人,100万平民；日本：约140,000人.
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