第二次入侵
战事再起
在战争平息了一年多后，1596年4月，朝鲜的使者李宗城因为犯了贪淫罪，被日本守臣所逐，奔还汉城，朝鲜方面随即下诏逮捕其入狱，但已惹来丰臣秀吉的不满。5月，明朝再次提议赐封丰臣秀吉，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬一同前往。9月，明朝赐封的使者杨方亨抵达日本，但丰臣秀吉因朝鲜王子不偕同前来以答谢而发怒。结果丰臣秀吉不肯受封，并决心再次发兵侵略朝鲜。在1597年1月，日军拒不退出釜山，朝鲜得知日军再次入侵，于是遣使再至明朝求援。这次再侵朝鲜，丰臣秀吉吸收了上次海战失利使得不能大量运兵和运输补给的教训，使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，使得李昖将李舜臣下狱，其后将其贬为士兵，只能白衣从军。
万历二十五年正月，丰臣秀吉发动了第二次对朝战争。这次来势更加汹汹，准备更加充足。神宗得讯后，知道使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒。当即大怒，马上下令革去兵部尚书石星等人的职务，令邢玠以兵部尚书出任总督，都御史杨镐经略朝鲜军务，再次出兵援朝。同时下谕旨声明石星罪状“倭奴狂逞，掠占属国，窥犯内地，皆前兵部尚书石星谄贼酿患，欺君误国，……着锦衣卫拿去法司，从重议罪来说”
八万大军再援朝鲜
1597年初，日本出动陆军141490人，水军22100人，水陆并进再度入侵朝鲜。
2月，明朝再次议定援朝征日，以麻贵为备倭总兵官，统率南北诸军。在3月，明朝以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略御倭。5月，邢玠赶至辽东。
开赴至朝鲜的第一批明军共约3万余人。
总兵麻贵率1万7千人驻守汉城杨元率辽东骑兵3千人，驻守南原陈愚忠率骑兵3千人，屯兵全州吴惟忠率4千人进至忠州，与南原军互相呼应茅国器率兵3千人屯星州，控制岛岭、秋风岭明军的战略部署是，上述各军据守本部要塞，待总督邢玠率领的4万大军一到，明军和朝鲜军即转入战略反攻，由南原、忠州发动钳形攻势，直捣釜山之敌。
先败后胜
6月，日本兵船数千艘停舶于釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最后进攻南原（为全罗道外藩，一旦失守，天津、登、莱皆可扬帆而至）。明军副总兵杨元率领3千明军和3千余朝鲜军镇守南原，坚守数日后被日军攻破，守城将士绝大部分阵亡。
攻破南原后，付出很大伤亡代价的日军屠城一日。这时驻全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃的拿下了全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地，汉城的屏障尽失，再一次濒临险境，朝鲜局势再度危若累卵。9月6日，麻贵命副总兵解生等率军2千，奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。7日，于稷山附近与日本战国名将黑田长政和率领的日军第三军团一部发生遭遇战，明军的后续部队杨登山率军赶到，败黑田长政，后因毛利秀元大军赶到而撤退。黑田长政占领稷山
9月，明军逮捕前兵部尚书石星下狱，并与在明军和日军之间两边获取利益的沈惟敬一同俱论罪处死，结果石星于1599年死于狱中，沈惟敬则于市集斩首。
10月麻贵以李如梅率数千攻向星州谷城，城将小早川秀包、筑紫广门起先死守，之后迎接小早川秀秋派出的援军山口正弘、南部无右卫门后转守为攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日军毛利秀元等则被参将彭友德率领的中朝联军重兵包围，死伤惨重，幸蔚山城将浅野幸长、宍户元续、太田一吉的接应援护才撤退。12月，援朝明军与日军大战于蔚山。
鸣梁海战
主条目：鸣梁海战
战事再起之初，朝鲜水师几乎全军覆灭，结果无奈之下，朝鲜政府再次起用本来已遭罢黜的李舜臣。李舜臣到任时，原来苦心经营的水师，只剩下数艘舰只。但他因为身系救国重任，惟有在这个逆境里尽其全力，在全罗道右水营着手重建海军。1597年8月28日，李舜臣指挥着这支刚重建的水师，再度与日本水师决战，而决战地就是在鸣梁海峡。
李舜臣守在鸣梁海峡，但因兵力薄弱，所以决定设陷阱，派人乘退潮时在岸边设置了铁索与木桩。9月16日，日军统帅藤堂高虎率领330余艘战船和2万陆军出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼朝鲜水师。李舜臣首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以扰乱日军，使其以为朝鲜水师已恢复过来。他自己则亲率12艘战船引敌深入鸣梁海峡。在成功引诱日军进攻后，李舜臣随即发起集中的攻击，对准日军指挥舰攻去，结果歼灭了日军指挥舰和其他战船2艘，并击毙日军主帅来岛通总。同时间，潮水开始退却，朝鲜舰船趁势进攻，日舰因失去主帅，军心散涣，只得顺潮向东撤退，但却遇上李舜臣事先埋下的铁索和木桩，无法退却。结果朝鲜水师全力拼杀，歼灭日舰30余艘，并击毙日军4000余人，再度重创了日本水师，重新掌握了制海权。
鸣梁海战的胜利，使得丰臣秀吉再度面对运兵和运输补给困难的问题，而日军虽然随后在陆战有所得着，但亦已后继无援，其最后败局已定。
日军蔚山防卫获胜
根据《晚明史》一书的记述，当时在朝兵力，明军远低于日军，丰臣秀吉调动的侵朝兵力，这时候已达十二万之多，而“明朝方面的援军，最初预定七万，实际最多时才四万。”后来才陆续增兵，“朝鲜李朝《宣祖实录》的记载，明军达十一万人。不过这些数字都是万历二十六年的事，万历二十五年战争初期兵力没有达到这一水平，日军明显占据优势地位”
所以一开始明军在朝鲜的形势相当困难，据守的城市接连失陷，进攻也遭到挫败。但在万历坚定不移的支持之下，形势开始逆转，日军逐渐抵挡不住明军的攻势，根据朝鲜人赵庆男《乱中杂录》记载：“丁酉九月六日，天将副总兵解生等，大败贼众于稷山金岛坪，加藤清正等退遁，流下岭南……麻贵领大军启行，至水原下寨，遣兵埋伏于芥川上下，以为后援……七日黎明，天兵左协出柳浦，右协发令通，大军直从坦途，锣响三成，喊声四合，连放大炮，万旗齐颤，铁马云腾，枪剑奋飞，驰突乱砍，贼尸遍野，一日六合，贼逝披麾……翌日平明，贼兵齐放连炮，张鹤翼以进，白刃交挥，杀气连天，奇形异状，惊惑人眼。天兵应炮突起，铁鞭之下，贼不措手，合战未几，贼兵败遁，向木川清州而走”
日军遭此惨败之后，明军乘胜追击，接连获胜，二十三日又攻取蔚山，最后把日军将领加藤清正率领的军队围困在岛山。但这时候日本大批援军到来，天又下大雨，解了加藤清正部队之危难，这时候明军的经略杨镐又指挥失误，仓促撤军，反而使明军遭受了损失。
而明军于攻打蔚山期间，明将高策趁日军大部赶往蔚山援救之时率2万2千偷袭日军本阵釜山，也被日将立花宗茂以8百人用夜袭和火计击退，是为般丹之战，同时更有另一支明朝联军偷袭梁山，但被黑田孝高击退。
谎报获胜1598年1月，明朝援朝和攻打蔚山的军队因为日本的毛利秀元、黑田长政等日军的援兵突然赶至，大为震惊。杨镐赶不及下令，便策马率先赶奔汉城，麻贵亦继而赶之，一时间所有军队皆溃败。只有副将吴惟忠、游击毛国器断后，日军在得胜后暂退以保住胜果，明军的辎重大多丧失。杨镐与邢玠却向明朝朝廷谎报前线大捷。但当时各营欲向明朝朝廷回报，士卒死伤二万，这使杨镐大怒，按而不报，只称死伤百余人。赞画主事丁应泰得知战败，至杨镐处商议应对计略，但杨镐竟出示张位、沈一贯的手书，扬扬自得。这令丁应泰愤而向朝廷回报战败事实，明朝首辅赵志皋欲保杨镐，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水军，并欲以海路运兵以作持久之计，5月明朝廷叫回攻略蔚山城失败的杨镐，新增兵力给于刘铤、邢玠并调派水陆约15万军力进朝鲜，于是都督陈璘以两广之兵，刘铤以四川之兵，邓子龙以浙江、南京之兵赶至增援，明将张榜、蓝芳威等于此时参阵。6月，杨镐罢职候查。
形势逆转
同年,日军小早川秀秋等部70000多人回国休整，以加藤清正，岛津义弘等64000人防守占领区
邢玠将明军兵力分为水陆四路，每路置一名大将，中路李如梅（后替换为董一元），东路麻贵，西路刘铤，水路陈璘，各自负责握守要地，相机而动，进攻之时，各率约五万分三路，以麻贵攻蔚山、董一元、刘铤进攻泗川、顺天。
9月底，明将麻贵再次包围加藤清正于蔚山（第二次蔚山之战），两军互有胜负，但最后遭到为了援救清正而前来的立花宗茂先以千人夜袭后以假营伏兵击之而败退。10月，总兵官刘綎、麻贵分道出击进攻日军，并大败之。然而董一元率兵3万余攻打日军新起的泗川城寨，由日将岛津义弘率7000兵力驻守，却因明军的大炮突然炸膛，并引起大营火yao库连番爆炸，全军登时乱成一片，这时岛津义弘一看明军大营发生爆炸，随即命令日军出击，混乱中的明军大乱，泗川又被日军夺回，据诸葛元声《两朝平壤录》记载：“大将军、木杠已打破大门一扇、城垛数处，而彭兵皆京城亡赖，素不习战，亦不擅火器；忽木杠破，药发冲起，半天俱黑，各兵一时自惊乱。倭因乘隙，从前小门杀出，直冲彭兵，皆溃走………彭兵三千，止存五、六十。”是为泗川之战。
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