两军从午后交战6个小时至黄昏，据中国史记载明军伤亡2500人，日军死亡则超过8000人，另据朝鲜史载两军各死伤5、600人，部分日史记载明军参战人数为20000人，倭军斩首明军6000人。满清编写者则说“诸营上军籍，死亡殆二万”云云，占了当时明军入援朝鲜参战兵力的一半。都远远高于朝鲜史的记载，根据朝鲜宣祖实录所记，明军投入战役人数当不超过5000人，当日军望见明军步兵抵达后随即撤退，可见明军投入战场兵力并不多。而“朝鲜《宣祖实录》记载，此役之后，明军大势依然，二万之死亡云云当系虚说”应该可以确信。
战后日军并未追击，反而退返王京，显示日军并未完全控制战场，此役应该是胜负各半。但是李如松经此役后，因亲兵死伤甚重，加上明军北兵与南兵之争日烈，李如松以后就无意进取，先退开城，后又退往平壤。但终达到逼退日军从平壤南下于战略上的成功，而碧蹄馆之战则算是日军在战术上的成功，属皮洛斯式胜利。
明军首波渡江入援人数的朝鲜官方纪载，10月壬子，朝鲜的备边司启曰：“天兵共计4万8005人，将领中军千把总还没有算在里面，一日粮每一名是1升5合，马匹2万6700匹，将领等官之马不在数内，每一匹日给料豆3升。以此计算，则4万8585人的粮食一天是720石，2个月则需要米4万3730石；马一日用豆801石，2个月需要豆4万860余石。……目前估计自义州至平壤，留谷之数大约有5万1488石，豆3万3127石……，抽西补东军粮可以支应50余日，马豆则似乎不足……。”
碧蹄馆战役后大明、朝鲜间的种种争议
明军南、北兵之争：因为平壤之役南兵先登城墙，可是北兵多斩首级，而李如松上报朝廷的时候多表北兵之功，而少论南兵先登之功，造成南兵将领与北兵将领之间的隔阂。朝廷也因为有北兵是斩朝鲜人的首级来报功的传言，特别派出钦差大臣来朝鲜查证。在碧蹄馆战役后，南兵就传出北兵在碧蹄馆阵亡的传闻，并且抢先向经略回报；同时南兵因为提督下令他们留守平壤，在碧蹄馆一战后，将领对于北兵将领多有嘲讽之语，认为北兵作战不利，如果单用南兵早就收复平壤。明、朝之争：两国争议不外乎是在粮饷与兵力，朝鲜复国心切，一再催促明军进兵，明军将领多半言明粮食欠缺，天候不佳，进兵有所疑虑。同时明军因为将南兵留在平壤，在前线的反而多是北兵，北兵以骑兵为多，根据当时将领所言，明军损失战马多达12000匹，造成骑兵战力的严重折损。此外明军也碰到逃兵问题，尤其以辽东兵最为严重，而南兵因为家乡遥远，反而不会脱逃，为了填补空缺，明将多向朝鲜要求勾军来填补缺额。此外，明将也多次反映朝鲜提供的敌情不明，无法知道要用多少兵力才可以消灭入侵的日军。对于宋经略则是完全不相信朝鲜的官员，认为他们很容易泄漏军机，往往军情只要移咨朝鲜官员，他们一下朝后就会转告亲友，当时朝鲜的风俗也不以泄漏朝政为可议，反而认为如果不说就是瞧不起亲友。因此明、朝官员多所隔阂。至于某些明朝官员假借职位，要朝鲜官员提供日军首级以报功等等情事，也让朝鲜官员有所不齿。明军经略提督之争：经略以文人而节制军事，提督要求增兵増饷都需经过经略上承，李提督老是以为宋经略受南兵影响故意压文不发，同时宋经略也以为武人爱说大话，往往上呈不实，比如说有功劳的时候以少报多等等情事。双方因此公文多方往返，就是不愿进兵，而宋经略也受到朝廷和战议论的影响，要在北京多所谋略。于是，一开始是李提督主战而宋经略不许；后来，在日军撤兵向釜山时，又变成李提督主张缓进，宋经略主张急追。两人互相制肘，反而一事无成，徒让朝鲜君臣议论纷纷。
朝鲜军奋战
之后日军于2月约2万兵力转攻京城西北方的幸州山城，朝鲜城将权栗以少数兵力大败日军，日将石田三成、吉川广家等负伤。2月，李如松改变策略，于3月初焚烧日军于龙山的粮仓粟数十万，逼使其撤退。4月19日，日军因为缺粮，被逼由汉城（今首尔）撤退。5月四川参将刘铤率军五千赶赴援朝，并被任命为副总兵。日军撤退至釜山，此后陆战皆集中在朝鲜南部四道，并以朝鲜勤王军与倭军的战斗为主。日军于6月中旬又攻打
朝鲜南部的晋州城，为第二次晋州城攻略战，日军加藤清正、黑田长政以部下饭田直景、庄林一心、后藤基次以龟甲车破坏城壁，大部日军涌入晋州城而攻陷，城将金千镒战死。
朝鲜水军的奋战
自从日军登陆以后，朝鲜水军随即在全罗道左水使李舜臣率领下展开一连串的反击，依宣祖实录的纪载列表如下：
5月初6日闲山岛,庆尚右水使元均与全罗左水使会师有战舰80艘，进到玉浦，遇敌船30余艘，击破26艘
5月初7日再度会师，听到国王西幸的消息，诸将放声痛哭。
5月初9日舰队解散,各回本镇.
5月29日露梁会师,遇敌1艘,击毁.又遇敌战船12艘,悉数击毁.
6月初2日唐浦,遇敌舰20艘,中卫将权俊撞破敌指挥舰,并射死敌将.
6月初4日唐浦,全罗右水使李亿祺领战舰25艘会师.
6月初5日出外洋,后移泊固城唐项浦中洋,派三艘船侦查,一出海口即遇敌舰26艘,会战,焚敌舰100余艘,斩首210余级,溺水无算.
6月初6日追敌外洋,焚一船.
6月初9日罢兵归镇.
7月初6日舜臣与亿祺会师露梁,元均修理破船7艘先来,敌舰70余艘自永登浦移泊见乃梁
7月初8日舟船至中洋,敌退我追,敌舰70余艘列阵内洋不出,以佯退引出至闲山洋前,以鹤翼阵,先破3艘,焚63艘,400余日军弃舟上陆潜逃.
7月初10日安骨浦,敌40艘,列泊洋中,鳞次列阵不出,我舰反复冲杀,尽毁敌舰,三阵斩首250余级,溺死无算.
玉浦海战主条目：玉浦海战
在明军驰援的同时，朝鲜水师在海战则占据了主动权。1592年5月4日，当时的朝鲜全罗道左水使李舜臣，统率75艘舰船驶出全罗南道丽水港，准备对日军发动进攻。日军则派藤堂高虎率领50艘木制战船迎战。5月7日，朝鲜水师偷袭日军，日军被杀个措手不及。一轮激战过后，日军损失惨重，被朝鲜水师消灭了26艘战船，剩下的舰船只得仓皇逃跑。李舜臣继而在合浦、赤珍浦海面再歼灭余下的日军。5月9日，这场海战最终结束。从此朝鲜水师掌握了制海权。全场海战朝鲜水师共歼灭日舰44艘，而日军伤亡则不计其数，相对而言，朝鲜水师只是伤亡了很少的兵力，舰船更是丝毫无损。
玉浦海战是壬辰战争爆发以来，朝鲜军队的首场大捷，大大振奋了朝鲜军民抗敌的决心，并使得日军输送兵力和粮食辎重至朝鲜半岛从此变得困难，因为日军在此战后已丧失大半制海权。
泗川海战主条目：泗川海战
1592年5月27日，日本水师不甘失败，转而向庆尚南道的泗川进攻。李舜臣得知消息后，立即于5月29日率龟甲船队23艘出发，迅速驶至泗川海湾外面。当时海湾内共有12艘日本楼船，但日军对上次海战失利犹有余悸，因此当他们见到朝鲜水师驰援，便迅速逃至陆上，在山上布防。李舜臣于是命朝鲜水师假装撤退，以引诱日军登船追击，结果日军中计。这时正好潮涨，大大有利于朝鲜水师的龟甲船和板屋船这类大型舰船活动，因此当日舰出动时，李舜臣即下令众舰船迎击。很快地，日舰便被打败。而李舜臣虽然在战斗中负伤，但仍继续指挥官兵杀敌，结果12艘日舰全部被击沉。
经此战役，日本水师再不主动进攻，而改为防御和偷袭朝鲜水师。
唐浦、固城、栗浦海战主条目：唐浦海战、固城海战和栗浦海战
6月2日，李舜臣统领的朝鲜水师龟甲船队主动出击，进攻在唐浦港内停泊的21艘日舰，日舰被朝鲜水师两面包抄，最后被全歼。唐浦海战获胜后，李舜臣稍事休整。6月4日，与全罗右水使李亿祺会师，并于6月5日清晨齐其一起率领51艘战船，向固城唐项浦的海湾内的26艘日舰进攻，并从两面对其包抄围攻。结果日舰除了一艘被故意放走外，其余全部被歼灭。当晚，该艘故意放走的日舰将岸上日军接载上船，并欲于6月6日凌晨逃走，但这正中了李舜臣的计谋，结果朝鲜水师歼灭了该艘日舰，固城唐项浦海湾的全部日舰均被歼灭。6月7日，朝鲜水师再度出击，向栗浦的7艘日舰进攻，日军不敢迎战，掉头便跑，但结果仍被李舜臣全歼。
这三场海战后，日本水师大受打击，但日军主帅仍未心息，决定集结兵力，与朝鲜水师进行决战，结果导致了闲山岛海战。
闲山岛海战主条目：闲山岛海战
为了与朝鲜水师进行决战，日本水师在巨济岛一带集结，准备兵分三路向朝鲜水师发动进攻。而李舜臣则将其全罗道的舰队和庆尚道的部分舰队组成联合舰队，准备迎战。7月6日，李舜臣进兵出唐浦附近水域，并于7月7日清晨，将集结于巨济岛的日本水师引至闲山岛附近水域决战。李舜臣选择在此地决战是因为这里有着较为宽阔的深水环境，易于设置埋伏，可以向日本舰队进行包围歼灭。
在决战开始不久后，朝鲜水师的战船即将日军包抄起来，而朝鲜水师的龟甲船则向日军舰队直撞过去，很快便撞翻了日军舰队前列的几艘大船，而其余朝鲜战船也奋勇杀敌，与敌作殊死战，结果日军的61艘战舰被全歼。这就是闻名于世的“闲山岛大捷”。
经此一役，日本水师完全丧失制海权，无法运送军粮，日本陆军因此无法再行侵略，结果丰臣秀吉只有与明朝讲和，改令日军于朝鲜南端建筑倭城以作防备和储粮之用。而李舜臣则被封为二品正宪大夫、三道水师统制使。
明、日议和
1593年6月，日本因海战失利补给无法送至，加上朝鲜破坏过度，造成瘟疫流行，当地征发粮食不易，以及急于保全占据朝鲜南部四道的战果，遂派使节随同明使沈惟敬由釜山至北京城议和。7月，朝廷宣诏退兵以进行日本封贡事宜，于是李如松大军撤退，只留刘綎及游击吴惟忠共七千六百人分别扼守要口。但兵部尚书石星一意主和，再撤吴惟忠兵，结果只留刘綎兵防守。9月，朝鲜国王李昖虽上表答谢朝廷援救及助其复国，但是暗中对明日议和却排除朝鲜有所不满，此时日军仍然占据朝鲜南部四道，并牢牢握有釜山城。12月，明朝命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松。神宗下令大兵尽撤，但同时强调，虽然撤兵，“但倭情狡诈，未可遽称事完”。
1593年（万历二十一年）5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见了到达日本的明朝使团。由于语言不通，双方的会谈仍就在沈惟敬和小西行长之间进行。丰臣秀吉提出了“大明、日本和平条件”七条：
一、迎明帝公主为日本天皇后；二、发展勘合贸易；三、明日两国武官永誓盟好；四、京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；五、朝鲜送一王子至日作为人质；六、交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；七、朝鲜大臣永誓不叛日本。沈惟敬答应了七条建议，但对同行的谢用锌、徐一贯等人却诈称丰臣秀吉已同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。而小西行长则对丰臣秀吉汇报说，明朝使者已经同意了丰臣秀吉的七条建议，只需派日使与明使一道去北京请大明皇帝最后批准。就这样，在两方谈判者欺上瞒下的斡旋后，双方几乎要达成“协议”。1594年10月，日本议和使者小西如安与明朝使团一道去北京，小西如安也早已与小西行长达成了攻守同盟。
小西如安到了北京后，与石星进行了谈判，一口答应了石星提出的三项条款：
一、日军在受封后迅速撤离朝鲜和对马；二、只册封而不准求贡；三、与朝鲜修好不得侵犯。当时兵部还和小西如安进行了详细的对谈，小西如安欺明朝人不懂日语信口答应。这时沈惟敬也递交了伪造的日本降表。明朝君臣大为满意。明神宗立即册封丰臣秀吉为日本国王，并按小西提供的名单册封了日本国大臣。
其后于1595年1月，明朝遣使封丰臣秀吉为日本国王，令沈惟敬一同前往。诏书内容如下：
“奉天承运皇帝，制曰：圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，肯求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日本国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于****，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服纶言，永尊声教。钦哉！”
这封诏书现存于大阪博物馆，为惯用的御笔文体写就，俨然一副中央大国皇帝对蕞尔小邦降恩封赏的口气。据部分史书记载丰臣秀吉对此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王则王，何待髯虏之封哉！”，摔诏书于地，并怒逐明使臣，不久后再次遣兵入侵朝鲜。但另一种说法认为尽管丰臣秀吉十分不情愿，但表面上仍接受了明朝政府的册封，甚至对神宗皇帝册封诰命中的“万里叩关，恳求内附”的话内心恼怒，但也只能忍气吞声的接受，第二天还“身穿明朝冠服，在大阪城设宴招待明朝使节”。但实际上早就在积蓄力量，酝酿再一次对朝鲜进攻。而当时经办与日本谈判的石星、沈惟敬等人又一心欺瞒蒙混，竭力对万历皇帝掩盖丰臣秀吉的真实意图，妄图侥幸无事。接着丰臣秀吉便要将小西行长治罪，并把中朝使团驱逐出境。这样历时两年的议和彻底破裂。沈惟敬归国途中，滞留朝鲜，不敢回京。他假造了一道丰臣秀吉的谢恩表由另一使臣递交朝廷。这道假冒的谢恩表被明廷识破，再加上朝鲜方面传来日本再度备战的消息，明神宗方知上当受骗，大怒，当即下令邢玠把兵部尚书石星下狱问罪，并命驻朝明军捉拿沈惟敬，就地正法。
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